Для максимально эффективного и оперативного управления все отделения Краевой клинической больницы № 1 объединены в специализированные медицинские центры:

Центр грудной хирургии Ожоговый центр Хирургический центр Нейроневрологический центр Уронефрологический центр Травмотолого-ортопедический центр Центр анестезиологии и реанимации Терапевтический центр Консультативно-диагностический центр

В состав НИИ-ККБ№1 входят:

11 отделений терапевтического профиля:

• 4 кардиологических,
• 2 неврологических,
• ревматологическое,
• эндокринологическое,
• нефрологическое,
• гастроэнтерологическое,
• пульмонологическое.

26 отделений хирургического профиля:

• 3 травматолого-ортопедических,
• 2 урологических,
• 2 нефрологических,
• онкоурологическое,
• 2 кардио-хирургических,
  в т.ч. отделение детской кардиохирургии,
• 2 торакальной хирургии,
• 2 хирургических,
• 3 нейрохирургических (в т.ч. вертебрологическое),
• ожоговое,
• онкологическое,
• колопроктологическое,
• сосудистое,
• хирургического лечения сложных нарушений ритма сердца и электрокардиостимуляции,
• микрохирургии глаза,
• гнойной хирургии,
• гинекологическое,
• отделение диализа,
• челюстно-лицевой хирургии.

Для спасения жизни наиболее тяжелых пациентов работают 9 реанимационных отделений, суммарно представленных 240 койками.